这场战争最后敲响了幕府统治的丧钟，仅仅三年时间，幕府统治就被完全摧毁，后西院天皇也被虏至东京，受封为瀛洲国主。

此后属于德川一系的亲藩，如御三家、御三卿、一门等诸侯领主，悉数被顺军灭亡铲除，各家子嗣也相继被送往东京，各受封伯爵、子爵、男爵爵位，德川幕府的天领全部被改编为由顺朝驻军直辖的营庄，其余领地则由日本各地的异姓诸侯分割占领。

此后日本全境即改名为瀛洲，最初的军管营庄时期，是由瀛洲大都督府统一管辖瀛洲全境的军政事务。

第一任大都督为陈荩，第二任大都督为原任南洋延平公司总制的陈永华。

两人任职期间，都奉行了“大兴文教”的政策，在瀛洲修建了大量学校，又鼓励诸侯大名的子弟入学受教育，把教育与选拔人才相结合，使得瀛洲出现了“汉和合流”、“儒佛合习”的文化融合趋势。

天法三十四年，陈永华去世，朝廷即废止了瀛洲大都督府的建制，分瀛洲地为二省一都督府，九州及四国被郡县为了蓬莱省、中国及近畿被郡县为了方丈省，关东一带则改制为东瀛洲都督府。

不过一般上，又习惯将蓬莱省称为南瀛洲、方丈省称为西瀛洲，关东旧地称为东瀛洲，合称时一般称为瀛洲或三瀛、三海之地。

瀛洲本来人口就相当稠密，只是经过日清战争、顺日战争的摧折，人口减少了近三分之一多。此后为了巩固顺朝对瀛洲大都督府的统治，为推行营庄制，又进行了不少低烈度的弹压战争，造成不少地区受到严重破坏。

所以战后顺朝又从山东、辽宁、乐浪、熊津四省，进行了大规模的移民活动，使得瀛洲成为了汉族、朝鲜族、女真族、和族，多民族聚居融合的一块地区。

“汉和合流”、“儒佛合习”的民族融合文化，也在瀛洲大地上造就了后世称为“二陈新风”文化运动。

由于当时瀛洲在陈荩、陈永华两任大都督统治下，所以这一文化融合时期被称为“二陈新风”。其中的代表人物，就是创造了“连歌”这一新型文学形式的大诗人、大剧作家松尾芭蕉。

连歌在汉诗基础上，融入了俳谐和歌的元素，讲究诗歌的喜剧效果，后来也发展为了戏剧形式，许多在大都督府不得志的瀛洲诗人都转而投入到了戏剧创作之中。

为了排解对于现实时局的困惑悲苦之感，他们大量创作了具备虚无主义色彩的喜剧剧本，最后还反向输入到大陆地区，引领了顺朝国内一时的文化风向。

顺孝宗明命十二年，松尾芭蕉受大诗人沈德潜的邀请，第一次踏上了祖国大陆地区的土地，游览名山大川，后病故于碎叶州。